На данный вопрос отвечают аудиторы  фирмы ООО «Констат»:

В соответствии с п. 1 ст. 168 НК РФ (в редакции, действующей с 01 января 2009 года) в случае получения налогоплательщиком сумм оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав, реализуемых на территории Российской Федерации, налогоплательщик обязан предъявить покупателю этих товаров (работ, услуг), имущественных прав сумму налога, исчисленную в порядке, установленном п. 4 ст. 164 НК РФ.

Согласно п. 3 ст. 168 НК РФ при реализации товаров (работ, услуг), передаче имущественных прав, а также при получении сумм оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав выставляются соответствующие счета-фактуры не позднее пяти календарных дней, считая со дня отгрузки товара (выполнения работ, оказания услуг), со дня передачи имущественных прав или со дня получения сумм оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав.

Таким образом, выставление счета-фактуры на оплату, частичную оплату в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг, передачи имущественных прав) является законодательно установленной обязанностью продавца-налогоплательщика НДС.

Для случаев, когда товары (работы, услуги) отгружаются в счет полученной предоплаты в том же налоговом периоде, в котором получен аванс, никаких исключений не предусмотрено.

Однако, в письме Минфина РФ от 06.03.2009 N 03-07-15/391, разъяснено применение с 01 января 2009 года норм Федерального закона от 26.11.2008 N 224-ФЗ "О внесении изменений в часть первую, часть вторую Налогового кодекса Российской Федерации и отдельные законодательные акты Российской Федерации".

В письме указано, что по договорам на поставку товаров (оказание услуг), предусматривающим особенности, связанные с непрерывными долгосрочными поставками товаров (оказанием услуг) в адрес одного и того же покупателя (например, поставка электроэнергии, нефти, газа, оказание услуг связи), составлять счета-фактуры по оплате (частичной оплате), полученной в счет таких поставок товаров (оказания услуг), и выставлять их покупателям возможно не реже одного раза в месяц, не позднее 5-го числа месяца, следующего за истекшим месяцем.

В случае, если в течение пяти календарных дней, считая со дня получения предварительной оплаты (частичной оплаты), осуществляется отгрузка товаров (выполнение работ, оказание услуг, передача имущественных прав) в счет этой оплаты (частичной оплаты), счета-фактуры по предварительной оплате (частичной оплате) выставлять покупателю не следует.

Но если внимательно прочитать письмо Минфина, то видно, что сделана конкретная формулировка, касающая выписки счет-фактур для покупателя: 

- «счета-фактуры по предварительной оплате (частичной оплате) выставлять покупателю не следует».

Т.е. речь идет только о втором экземляре счета-фактуры для покупателя! (требование п. 3 ст. 168 НК РФ с 01.01.2009 г.)

Требование об обязательном составлении счет-фактуры при получении аванса в одном экземпляре никто не отменял.

Отметим, что ранее финансовые и налоговые органы не делали никаких исключений из порядка составления счетов-фактур и требовали составлять счета-фактуры на аванс в обязательном порядке вне зависимости от того, когда организация отгрузит товары (работы, услуги) (письмо Минфина РФ от 25.08.2005 N 03-04-11/209, письмо УФНС России по г. Москве от 11.02.2005 N 19-11/9796).

Согласно п. 16 Правил ведения журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утвержденных постановлением Правительства РФ от 02.12.2000 N 914, в книге продаж регистрируются выписанные и (или) выставленные счета-фактуры во всех случаях, когда возникает обязанность по исчислению НДС, в том числе при отгрузке (передаче) товаров (выполнении работ, оказании услуг).

При получении авансов в счет предстоящих поставок товаров (работ, услуг) счета-фактуры составляются налогоплательщиком в хронологическом порядке (п. 2 Правил) и регистрируются в книге продаж в том налоговом периоде, в котором возникает налоговое обязательство (п. 17 Правил).

Требование о составлении продавцом счета-фактуры при получении денежных средств в виде оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав содержится и в п. 18 Правил. (Заметим, что изменения в Правила, в связи с новой редакцией п. 3 ст. 168 НК РФ, не внесены и п. 18 Правил по-прежнему требует составления одного экземпляра счета-фактуры при получении аванса).

Счета-фактуры, выписанные и зарегистрированные продавцами в книге продаж при получении оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), регистрируются ими в книге покупок при отгрузке товаров (выполнении работ, оказании услуг) в счет полученных оплаты, частичной оплаты с указанием соответствующей суммы налога на добавленную стоимость (п. 13 Правил).

В заключение отметим, что еще в 2006 году высшие арбитры постановили, что авансом не может быть признан платеж, поступивший налогоплательщику в том же налоговом периоде, в котором произошла фактическая реализация товара (постановление ВАС от 27.02.06г. N10927/05). Суд исходил из того, что организации исчисляют налоговую базу по итогам налогового периода (п.1 ст.54 НК РФ).

Впоследствии многие федеральные арбитражные суды придерживались позиции, аналогичной ВАС РФ (постановления ФАС Поволжского округа от 22.12.2008 г. N А55-3598/08, Московского округа от 17.09.2007 г. N КА-А40/9409-07, Западно-Сибирского округа от 17.05.2007 г. N Ф04-3001/2007(34249-А03-31)). Но решения арбиртажных судов не указ для ФНС, и эти решения действительны только для конкретной организации и ситуации.

Вместе с тем в случае, если Ваше Общество как налогоплательщик решит придерживаться такого мнения, при возникновении разногласий с контролирующими органами, правомерность такой позиции, скорее всего придется доказывать в суде. Хотя недоимки по налогу не возникает (следовательно, организации не грозит привлечение к ответственности по ст. 122 НК РФ), нельзя исключить, что в подобных случаях инспекторы не попытаются наложить на организацию штраф по статье 120 НК РФ за отсутствие счет-фактур:

- 5 000 руб., если нарушение совершено в течение одного налогового периода;

- 15 000 руб., если нарушения совершены в течение более одного налогового периода;

- 10% от суммы неуплаченного налога, но не менее 15 000 руб., если нарушения повлекли занижение налоговой базы.